Alternativene for batcheksport lar deg spesifisere formatet og mappen du vil eksportere til, samt utvidelsen du skal bruke. Hver fil blir navngitt i henhold til kolonnen Navn i Geneious. Eksporter mappe: For å eksportere en hel mappe til en enkelt fil, klikk på mappen i Kildepanelet og gå til Fil → Eksporter → Eksporter mappe.